La contaminación cruzada puede darse de manera directa o indirecta. La contaminación cruzada directa se produce cuando los alimentos entran en contacto y se contaminan entre sí (alimentos cocinados contaminan alimentos crudos, por ejemplo) y la contaminación cruzada indirecta se produce cuando los utensilios de cocina contaminados entran en contacto con alimentos crudos o cocinados.
El ejemplo típico de contaminación cruzada se produce cuando un alimento cocinado entra en contacto con la sangre de piezas de carne no cocinadas o crudas.